Havforskningsinstituttet, Norges geologiske undersøkelse og Kartverket utgjør utøvende gruppe i Mareano, og gjennomfører den daglige faglige driften.
Det overordnete ansvaret for gjennomføringen av Mareanos aktiviteter ligger hos programgruppen, som ledes av Miljødirektoratet.
Den øverste ledelsen av Mareano ligger i styringsgruppen, som består av representanter fra fire departementer: Nærings- og fiskeridepartementet, Klima- og miljødepartementet, Energidepartementet og Kommunal- og distriktsdepartementet.
Programmet finansieres av Nærings- og fiskeridepartementet og Klima- og miljødepartementet gjennom bevilgninger over statsbudsjettet.